见过酒厂酿酒的都知道，从大曲的制作到成曲的贮存管理，整个过程都是一个敞口开放的，所以微生物不难进入到大曲生产的全过程，而且一般规律，以空气细菌较多，原料霉菌，场地酵母菌等。
【1】空气
空气素来有微生物的天然运输者之称。无论是土壤，水域，动植物之间的微生物，只要被卷入空气当中，就会被带到远离原地而落入诸如制曲场地的地方。所以可以看出来，空气中的微生物在数量上，品种上，都比任何一方要多。当然，主要原因还是因为空气是流动性的，因此无法固定，某一种微生物的长期在空气中存留，同时，又由于空气中缺乏营养物质和足够的水分，所以微生物在空气中不会大量的繁殖，特别是光照直射，更不利于微生物的发育。很显然，空气只作为载体将微生物迎来送去，充当一个“助人为乐”的角色。
由于空气中的流动性受季节的影响，因此空气中的微生物在数量和种类上也受季节的影响。就比如细菌，冬天不与夏天，霉菌，和酵母菌夏天多于冬天。正是由于这一现象才出现了大曲制“伏曲”，南方曲优于北方曲等制作的自然现象。
【2】水分
很多时候微生物在水中的数量取决于水的质量，因为水源的不同，其它微生物的种类也各不相同。而天然水中的微生物多以杆菌居多；土地水中所含的微生物，品种数量都比较多，但仍与芽孢杆菌为主；地下水道的污水，所含微生物以寄生菌和腐生菌为主。微生物之所以能够在水中大量存在和生长繁殖，完全是因为水中有机物可以作为它的营养成分。
然而在制曲时，使用的都是自来水，也就是人们所说的饮用水。根据推测，一毫升的自来水平均含微生物96个，其中细菌有95个，霉菌只有一个。而细菌中大多以大肠杆菌为最。由此可见制曲用水的微生物含量和种类是有限的，在参与大曲发酵的整个过程中，也有细菌行里加入，可以想象它的作用是多么强大！
【3】原料
在酿造大曲中所需的原料比如大麦、小麦、豌豆、高粱等等，都是未经任何化学的，物理的处理，而直接进入大曲制作现场的。可以想象其微生物含量的丰富。准确的说，原料是大曲微生物的主要来源，相比较，其他环节占绝对的优势。原料从土壤中生长成熟，经晒去水分，之后到贮藏运输等过程，都是在敞开的自然环境中进行的。原料上的微生物主要附着在其表面上，个别的微生物可以进入到其内部，因此，原料上有的，内部菌和外部菌之分。
【4】器具
既然上文提到了，大曲的制作是敞口进行的。不仅原料可以收罗空间微生物，而且用于大区生产的器具，也可以收罗微生物。此外器具还具备储存残留微生物的特点。所以无论是机制还是人工踩制大曲，它所用的器具或多或少的都会残留曲料，当然这曲料就好比菌种，带入下次的制曲操作中，尽管带入下次的是有害的，但都会无可奈何的自然重复地交替作业。
所以说无论哪一个工序，都很难在微生物大曲生产中起到老大的作用。实际是：发酵前期即低温培菌期时，细菌占了绝大优势，其次就是酵母菌，最后才为霉菌。等发酵进入高温转化期时，细菌大量死亡，霉菌中的耐热菌种取而代之，又占着强大的优势。所以，大曲的发酵过程是一个彼此交融的过程，兼容“互生、共生、抗生”的。
