酿造小曲高粱酒时，淀粉转化成糖的这一步骤叫做培菌糖化，也称作箱。在糖化过程中，一定要格外注意，因为在糖化初期，酒曲中的酿酒微生物会利用糊精进行代谢，是一个吸热的过程，说糟醅的温度会有一定的下降。在糖化过程中，酿酒微生物就会分泌出糖化酶，而糖化酶分泌到一定量时，会作用于糊精，将糊精转化成糖，而这是一个放热过程，糟醅温度会有一定的上升。

所以，糖化开始的温度，一般需要控制在30℃左右，糖化结束时，温度控制在35℃左右。

因此，不管在什么季节中，都要在粮食顶部盖上盖糟和稻壳（在冬天可以多盖一点），这样做可以保证温度平衡，防止培菌时降温过度，从而影响到糖化。不要小看盖上盖糟和稻壳这一举动，因为好多酿酒师在这一过程上略有疏忽，不是盖得不均匀，就是盖薄了，从而影响到了出酒率。

小曲高粱酒采用的工艺是清蒸混入的续糟工艺，采用的是发酵过程中，在头粮中加入3—4倍配糟的方法，通过这种方法来调节糟醅的水分、酸度以及淀粉浓度，保证糟醅的正常发酵，而这也是小曲高粱酒中有糟香的原因。

不过，有部分朋友将酒中的糟香误认成了曲香，想要减轻或者除去这种味道。不过，想要减轻或者除去糟香，就得减少配糟的用量，而这样做会影响到产酒和酒香。正确的做法是用小火馏酒，并且要及时断尾，而对于糟香重的原酒，可以选择进行适当的过滤处理。