自1993年开始，贵州茅台酒厂首次提出了“适量饮用茅台酒有益于身体健康”的观点，倡导科学、健康、文明的饮酒风尚，逐步将健康理念引入了酒文化的内涵当中，并系统性的开展“茅台酒与人体健康”的科学研究。

从而论证贵州茅台酒是世界上最好的蒸馏酒，并把茅台酒的产品定位为“有机茅台、人文茅台、科技茅台、世界上最好的蒸馏酒”。

随后几年，贵州茅台酒陆续通过了“绿色食品”、“有机食品”、“原产地域保护产品”等认证，酒厂进行了管理体系程序文件的换版以及管理标准的修改，陆续通过了质量管理体系、环境管理体系、职业健康与安全管理体系、计量管理体系、食品安全管理体系的五大管理体系一体化认证。

1997年至2000年，中国贵州茅台酒厂有限责任公司完成了“三大历史转变”：工厂制向公司制的转变；公司制向股份制的转变；传统的计划经济体制向市场化经济体制的转变。

2000年8月13日，贵州茅台酒厂（集团）遵义啤酒有限责任公司更名为贵州茅台啤酒有限责任公司，开始进行独立核算、自负盈亏。

其中，总股本5412.86万元人民币，其中中国贵州茅台酒厂有限责任公司出资2760.56万元，占总股本的51%，遵义啤酒厂出资2652.3万元（企业净资产），占总股本的49%。